项目总监理工程师的变更应当遵循以下步骤和程序：
申请变更
建设单位或施工总承包单位可以申请项目总监理工程师的变更。
申请应当注明变更的原因、变更的内容和变更后的人选。
变更后的人选应当具备相应的职称、资格证书及从业经验，并且不存在影响工程质量的不良记录。
审批程序
申请变更后，相关单位应当向审批机构提交申请材料，并且按照程序进行审批。
审批机构应当对申请材料进行审核，并在规定的时间内作出决定。
对于符合条件的申请，应当批准变更。
变更通知
审批机构应当将批准的变更通知原项目总监理工程师和新项目总监理工程师，同时以书面形式通知相关单位。
交接工作
新项目总监理工程师应当在接替原项目总监理工程师前，充分了解工程情况和项目历史，并与原项目总监理工程师进行交接工作。
交接内容应当包括工程图纸、质量文件、进度计划、材料清单、施工标准和安全措施等方面。
合同与手续
监理单位需要自行写请求函，说明变更原因，并提供相关证明材料。
确需变更总监理工程师的，监理单位还应提供书面报告、备案表和下列材料：
要求变更的原因及相关有效证明材料。
企业任命总监理工程师的任职文件。
建设单位与监理单位签订的变更补充合同。
新任命总监理工程师的注册岗位证书。
外地总监理工程师无在建工程的证明。
提前通知
总监理工程师变更，需提前14天书面通知发包人，发包人同意变更后，方可变更。
在线申报
无论是注册变更还是执业变更，都需要申请人现聘用单位登录中华人民共和国住房和城乡建设部网站进行在线申报。
这些步骤和程序确保了项目总监理工程师的变更过程规范、透明，并且符合相关法律法规的要求。建议在实际操作过程中，各方应严格按照规定程序进行，以确保工程质量和进度的顺利进行。