监理工程师指示变更施工通常涉及以下几种情况：
直接指示的变更
这类变更属于必须实施的变更，例如按照发包人的要求提高质量标准、设计错误需要进行的设计修改、协调施工中的交叉干扰等。
监理人经过发包人同意后发出变更指示，要求承包人完成变更工作，不需征求承包人意见。
与承包人协商后确定的变更
这类变更属于可能发生的变更，需要与承包人协商后再确定是否实施变更。
监理人首先向承包人发出变更意向书，说明变更的具体内容、完成变更的时间要求等，并附必要的图纸和相关资料。
承包人收到变更意向书后，如果同意实施变更，则向监理人提出书面变更建议，内容包括拟实施变更工作的计划、措施、竣工时间等实施方案以及费用和（或）工期要求。
若承包人不同意变更，监理人与承包人和发包人协商后确定撤销、改变或不改变变更意向书。
变更指示的流程
发出变更意向书
监理人根据工程施工的实际需要或发包人要求，发出变更意向书，明确变更的具体内容、完成变更的时间要求等，并附上必要的图纸和相关资料。
承包人提出变更建议
承包人收到变更意向书后，如果同意实施变更，则向监理人提出书面变更建议，内容包括拟实施变更工作的计划、措施、竣工时间等实施方案以及费用和（或）工期要求。
若承包人认为难以实施变更，则应立即通知监理人，说明原因并附上详细依据。
审查与决策
监理人审查承包人的建议书，如果建议书内容可行并经发包人同意后，监理人发出变更指示。
如果承包人不同意变更，监理人与承包人和发包人协商后确定撤销、改变或不改变变更意向书。
注意事项
工程变更具有一定的法律强制性，没有监理工程师的变更指令，合同的任何一方都不能对工程及其有关方面做出任何改动。
监理工程师在发出变更指令时，应确保变更内容符合合同条款和相关法规要求，并且已经过适当的审批程序。
以上流程和注意事项有助于确保工程变更的顺利进行，同时维护合同双方的权益。