监理工程师指令导致的问题可能包括以下几个方面：
安全问题：
监理工程师的指令可能会影响到工程的安全性，例如要求使用不合适的材料或方法，或者忽略安全规定等。这可能导致施工现场发生安全事故，给人员和财产带来损失。
质量问题：
监理工程师的指令可能会影响到工程的质量，例如要求采用低质量的材料或方法，或者忽略质量标准等。这可能导致工程质量不达标，影响工程的正常使用和寿命。
施工进度问题：
由于监理工程师指令错误，可能导致施工现场停止施工，从而影响整个工程的进度。施工单位因此可能需要额外的资源和时间来弥补因错误指令导致的延误。
费用问题：
由于监理工程师指令错误导致的停工、窝工或额外工作，施工单位可能会产生额外的费用。这些费用可能包括机械使用费、人工费、材料费等，施工单位有权向监理单位索赔。
合同责任问题：
如果监理工程师的错误指令给施工单位造成了损失，施工单位可以保留追究责任的权利。根据相关法律法规和合同条款，监理单位应对其错误指令导致的损失承担相应的赔偿责任。
建议施工单位在遇到监理工程师错误指令时，及时与监理工程师沟通，明确指出错误并要求修改。同时，施工单位也应通知相关管理部门和业主，保持透明和沟通，以便及时解决问题并恢复施工进度。如果确实因监理工程师指令错误导致损失，施工单位应保留追究责任的权利，并通过法律途径维护自身合法权益。