监理工程师在组织设备清点时，应遵循以下步骤：
现场接货准备工作的检查
确认接货地点、时间和人员安排。
检查接货所需的工具、设备和人员是否齐全。
核实设备的运输和存储条件是否符合要求。
审查开箱检验方案及检查措施
审查设备交货时所需的检验方案，确保方案合理、可行。
检查各项检查措施是否已落实，包括设备的外观检查、性能测试等。
确定参与设备交接的单位代表
根据合同约定，确定是否需要设备制造单位、订货单位、建设单位、设计单位等单位代表参加设备交接。
确保各方代表按时到场，参与清点工作。
参加设备交货的清点
在开箱前，监理工程师应亲自参与设备的清点工作。
对照设备清单逐项检查，确保设备数量、型号、规格等无误。
如发现数量差异或设备损坏，应及时记录并报告给上级。
记录和报告
清点过程中，详细记录设备的状态和差异情况。
清点完成后，编制设备清点报告，详细列出设备清单、差异及处理建议。
后续工作
根据清点结果，监督设备制造商或供应商进行整改。
确保设备在安装前处于良好状态，符合合同要求。
通过以上步骤，监理工程师可以有效地组织设备清点，确保设备运输与交接的质量符合要求。