监理工程师的控制目标主要包括以下几个方面：
质量控制目标
按工程承包合同签订的工程质量等级为控制目标。
督促检查承包单位严格按国家工程技术标准、施工验收规范以及经批准的设计文件施工。
依据《建筑工程施工质量验收统一标准》（GB50300-2001）附录B和附录C对各单位工程进行分部工程、子分部工程、分项工程的划分，并确保所有工程的所有分部工程、分项工程全部合格。
工期控制目标
根据招标文件的规定，与参建各方共同配合，在确保质量和安全的前提下，以工程承包合同确定的工期和项目里程碑为进度控制目标。
督促所有承包单位按批准的进度计划组织施工，确保整个工程在计划工期内完成，满足业主的要求。
投资控制目标
以签订的承包合同中的工程投资额为基本目标，以合同为依据，严格遵守工程技术签证程序，严格控制合同外费用的支出。
以事前控制为主，减少索赔事件的发生，合理处理索赔，确保业主制订的工程概算造价控制目标的实现。
安全文明施工控制目标
强化安全意识，重视和加强安全文明施工管理，严格执行国家及地方有关安全文明的法规、条例及规定。
督促承包单位完善安全保证体系和工作制度，使安全文明施工规范化、标准化和制度化。
坚决杜绝重大事故，避免一般事故，以强有力的手段实施安全文明施工监理，尽可能减少对周围其它单位的干扰，使现场安全文明施工满足地方的有关要求，并视条件争取获得地方安全文明施工工地的称号。
综上所述，监理工程师的控制目标涵盖了质量、工期、投资和安全文明施工四大方面，旨在确保工程按照合同要求顺利进行，同时保障工程质量和安全，控制投资成本，最终实现项目的整体目标。