监理工程师指令施工的过程应遵循以下步骤和原则：
审查施工方案和条件
监理工程师首先要审查承包人提交的施工方案和施工条件，确认其符合工程要求和相关标准。
沟通与达成一致
在确认施工方案和条件无误后，监理工程师需要与项目经理进行充分沟通，确保双方对施工要求有共同的理解。
正式下达施工令
经过充分沟通和确认无误后，监理工程师会正式下达施工令，明确施工的范围、进度、质量等要求。
依据合同和规范
监理指令必须依据工程合同的“合同条件”和“技术规范”，以及国家工程主管部门颁发的相关标准和质量检验评定标准。
及时性与时效性
监理指令必须及时下达，注意时效性，防止指令延误。例如，如果发现某层填土压实度不合格，应及时指令重新碾压，避免影响工程质量。
明确与规范性
监理指令的文字应言简意赅，避免歧义，确保指令内容明确无误。可以使用红头文件等形式下达监理工作指令，以增强其正式性和权威性。
倾听与判断
监理工程师在发出指令时，应善于倾听承包人的意见，认真分析，正确判断。对于不完全正确或不切实际的指令，应及时修改或撤回，并适当致歉。
执行与反馈
施工单位应按照监理指令的要求进行施工，如有疑问或困难应及时与监理单位沟通和协调。监理单位也应跟踪整改情况，确保指令得到有效执行。
通过以上步骤和原则，监理工程师可以有效地指令施工，确保工程施工质量、进度、费用、安全和环保等方面符合合同要求和相关标准。