根据您提供的情况，单位扣留二级建造师证书是违法的。根据《劳动合同法》等相关法律规定，用人单位无权扣押劳动者的证件。以下是您可以采取的一些步骤来维护自己的权益：
沟通协商
首先尝试与公司进行沟通，了解扣留证书的具体原因，并尝试协商解决问题。
法律途径
如果协商无果，您可以向当地劳动监察大队投诉，请求其介入调查。
您也可以咨询专业律师，根据《劳动合同法》和《物权法》等相关法律法规，向人民法院提起诉讼，要求企业归还证书。
保存证据
在整个过程中，请确保保存好所有相关的证据，如劳动合同、沟通记录、投诉记录等。
行政援助
如果情况严重，您还可以向建设行政主管部门或劳动监察大队投诉，并提供相关证据。
请根据具体情况选择合适的解决方式，并尽快采取行动。