当监理工程师在工程项目中发现不合格问题时，应遵循以下步骤进行处理：
立即暂停施工
要求施工方暂停涉及不合格问题的施工部位，以防止问题扩大。
记录不合格情况
详细记录不合格问题的现象、位置、程度等，并拍照留证。
及时提出书面修改意见
向承包单位提出书面修改意见（也称整改通知书），并协助承包单位修改。其中重大问题应及时向业主汇报。
报告相关部门
如果问题涉及工程设计不符合质量标准或合同约定的质量要求，应报告建设单位要求设计单位改正。
组织消除存在的问题
监理工程师应组织消除存在的问题，确保工程质量和安全。
跟踪检查
指令施工单位按既定的处理方案实施处理并进行跟踪检查，确保问题得到彻底解决。
建立避免类似问题的制度
监理工程师应建议并协助建立避免出现类似重大问题的相关制度，以预防未来问题的发生。
通过以上步骤，监理工程师能够有效处理工程项目中的不合格问题，确保工程质量和安全，同时控制项目成本和进度。