监理工程师处理变更的程序如下：
接收变更申请
变更申请单位应向总监理工程师提交书面工程变更单，说明变更原因、内容及相关证明材料。
审核变更内容
监理机构进行变更初审，确认变更申请的及时性、真实性和完整性。
总监理工程师组织专业监理工程师对变更内容进行详细分析和评估，确保变更符合合同条款及项目要求。
提交审核报告
根据审核结果，监理工程师需提交审核报告，明确变更的必要性、可行性和影响。
执行变更
经审批同意的变更，总监理工程师签发工程变更单，并指导承包人进行变更实施。
变更实施过程中，监理工程师需进行全程监督，确保变更质量和进度符合要求。
验收变更
变更完成后，监理工程师组织验收，确认变更效果符合设计要求及合同规定。
沟通与协调
监理工程师在整个变更过程中需与业主、承包人、设计单位等相关方保持密切沟通，确保变更过程顺利进行并满足各方利益。
建议：
监理工程师在处理变更时，应严格按照规定的程序进行，确保变更的合理性和合规性。
加强与各方的沟通，及时解决变更过程中出现的问题，保证项目的顺利进行。