如果二级注册建造师想要注销自己的注册证书，但单位不配合，可以采取以下步骤：
申请跨企业注销
如果二级注册建造师已与聘用企业解除聘用合同关系，但企业不配合注销个人证书，可以向省级建设主管部门申请“跨企业注销”。
提供解除劳动关系的证明材料
申请注销注册时，应提供与原聘用企业解除劳动关系的有效证明材料。如果原聘用单位不配合出具解聘或离职证明，建议向劳动仲裁部门或法院申诉解除劳动关系以维护自身权益。
向省级主管部门申诉
如果原聘用企业仍不予配合办理建造师相关手续，可以提交申请报告（注明注册经历，与企业纠纷情况，报告落款处本人亲笔签字按手印）和解除劳动关系的有效证明材料原件和复印件，到省注册中心注册科进行申诉。
法律途径
如果上述步骤均无法解决问题，还可以考虑通过法律途径向法院起诉维权。
注意注销方式
二级建造师注销方式有两种：一是个人申请，企业版上报；或者企业通过系统直接报注销；二是直接向省级部门申请注销。
强制注销
如果原单位不配合，二级建造师可以申请强制注销，强制注销后不影响已注册人员的信息显示，且不需要再进行考试，但需要重新考取证书。
通过以上步骤，二级注册建造师可以尝试解决单位不配合注销证书的问题，并最终完成注销手续。