水利监理工程师离职注销需要遵循以下步骤：
提交辞职申请
向公司提交书面的辞职申请，并注明离职原因和离职日期。
完成工作交接
在离职前，与接替自己工作的同事进行充分的工作交接，确保公司能够顺利进行。
办理离职手续
离职前需要办理公司规定的离职手续，包括领取工资、社保、公积金等相关事宜。
注销执业资格
向相关部门申请注销自己的执业资格。
开具离职证明
公司需要为离职员工开具离职证明，证明员工的离职时间、离职原因等信息。
准备注销材料
身份证原件及复印件
监理工程师证书原件及复印件
监理工程师执业印章
注销申请表
填写注销申请表
填写个人信息、注销原因等内容，并在申请表上签字。
提交注销申请
将准备好的材料，前往当地水利部门进行注销申请。
审核与注销
工作人员会对申请材料进行审核，如无问题，会安排注销手续，并收回监理工程师证书及执业印章，将注销信息录入系统。
领取注销证明
注销手续完成后，工作人员会出具注销证明，监理工程师需要前往领取。
建议：
在离职前，确保所有手续和材料准备齐全，并按照公司和当地水利部门的要求进行办理，以确保离职过程合法合规。
注销后，及时通知相关项目和单位，避免因离职引发不必要的风险和纠纷。