二级建造师在起诉时，应当遵循以下步骤：
确定管辖法院
根据《民事诉讼法》的规定，应当向被告住所地或者挂靠行为发生地的基层人民法院提起诉讼。
收集证据
收集的证据包括但不限于：挂靠协议或相关书面文件；二级建造师的资格证书和执业印章的使用记录；挂靠期间的项目合同、工程图纸等文件；证人证言（如同事、项目经理等）。
准备起诉状
起诉状应详细列明原告和被告的基本信息、诉讼请求、事实与理由以及证据清单。确保所有信息准确无误，并按照规定的格式书写。
提交起诉材料
将准备好的起诉状、证据材料及副本（按照被告人数加一的原则准备）提交至管辖法院。同时，可能需要支付一定的案件受理费。
等待立案审查
法院收到起诉材料后，会进行立案审查。审查通过后，法院会正式立案，并通知原告缴纳诉讼费用。
参与庭审
法院立案后，会安排开庭日期。届时，你需要携带所有证据原件出席庭审，并根据法庭程序陈述案情、出示证据、质证等。
等待判决
庭审结束后，法官会根据双方提供的证据和陈述作出判决。如果你对判决结果不满意，可以在判决书送达之日起十五日内向上级法院提起上诉。
执行判决
如果判决对你有利，而被告拒不履行判决义务，你可以向法院申请强制执行。法院将依法采取强制措施，确保判决得到执行。
此外，如果你发现二级建造师证书在未经你同意的情况下被其他单位非法使用，可以通过以下途径维护自己的权益：
向法院提起民事诉讼，要求停止侵权、消除影响、赔偿损失等。
向发证机关投诉，并提交相关证明材料。
寻求专业律师的帮助，代理诉讼等法律服务。
建议你在起诉前咨询专业律师，以确保诉讼过程顺利进行并维护自己的合法权益。