办理环保工程二级施工资质的企业需要准备以下材料：
综合资料
企业法人营业执照副本。
企业章程。
企业法定代表人任职文件及身份证明。
企业经理和技术、财务负责人的身份证明、职称证书及任职文件。
人员资料
技术负责人的身份证明、职称证书、执业资格证书及业绩证明材料。
企业注册人员的注册证书（或项目经理）及身份证明。
资质标准中要求的企业非注册专业技术人员的职称证书、身份证明及养老保险凭证。
劳务分包企业应提供标准要求的人员岗位证书及身份证明。
工程业绩资料
企业近三年完成的环保工程施工业绩合同复印件。
设备设施资料
如有设备、厂房等要求的，应提供设备购置发票和租赁合同、厂房的房屋产权证或房屋租赁合同等相关证明。
其他材料
资质申请表。
企业近年的财务报表。
环境保护设施验收合格证明（如适用）。
环境保护管理制度文件。
环境影响评价报告（如适用）。
此外，企业还需满足一些其他条件，例如：
企业业绩：近5年承担过一定规模的环保工程施工，且工程质量合格。这包括但不限于水污染防治工程、大气污染防治工程、固体废物处理处置工程等。同时，企业需要提供相关的施工合同、验收报告等证明材料。
人员要求：企业经理需要具备5年以上从事工程管理工作经历或中级以上职称。技术负责人需要具备8年以上从事施工技术管理工作经历，并具有本专业高级职称。企业需拥有一定数量的注册建造师和专业技术人员，他们应具备相应的专业背景和工作经验。
净资产：企业的净资产需要达到一定的标准，以确保具备承担环保工程施工的经济实力。
建议企业在申请环保工程二级施工资质时，仔细准备上述材料，并确保所有文件的真实性和完整性，以提高资质申请的通过率。