如果您的二级建造师证书被单位扣押，您可以采取以下措施来维护自己的权益：
与公司沟通
首先，尝试与公司负责人进行沟通，说明克扣证书的法律后果，并要求公司归还证书。
如果公司拒绝退还，您可以要求公司提供扣押证书的具体原因，并查看您与公司签订的劳动合同或相关协议，了解其中关于证书使用的约定。
向劳动监察部门投诉
如果与公司沟通无果，您可以向当地劳动监察大队投诉，请求其介入调查并责令用人单位退还证书。
提供相关证据，如劳动合同、沟通记录等，以便劳动监察部门能够更好地了解情况和处理投诉。
寻求法律援助或提起劳动仲裁
如果劳动监察部门的处理结果仍不能令您满意，您可以寻求法律援助或向当地劳动仲裁部门申请仲裁，要求公司归还二建证书。
在仲裁过程中，您需要提供充分的证据证明单位扣押证书的行为违法。
法律诉讼
如果仲裁结果不满意，您可以向法院提起诉讼，依法维护自己的权益。
在诉讼过程中，建议咨询专业律师，了解自己的权益和应采取的最佳诉讼策略，并保存好所有相关证据。
总之，单位扣押二级建造师证书是违法行为，您应该积极维护自身权益，采取合法途径确保证书能够顺利取回。