二级建造师注销不掉可能有以下原因及解决方法：
操作错误：
在注销过程中可能由于操作步骤错误导致无法成功注销。应仔细检查每一步操作是否正确，并确保所有必需的文件和材料都已准备齐全。
账户问题：
如果账户存在异常情况，例如绑定其他业务或余额不为零等，也会导致无法注销。需要解决这些异常情况，才能进行注销操作。
系统问题：
有时由于系统故障也会导致注销申请无法成功提交。可以尝试等待一段时间后再进行尝试，或者联系相关客服寻求帮助。
行政主管部门审核问题：
注销申请需要得到行政主管部门的审核意见，如果长时间未得到审核或审核不通过，会导致无法完成注销。需要与相关部门沟通，了解审核进度和具体问题，并提供必要的证明材料。
未与原聘用企业解除劳动关系：
根据《注册建造师执业管理办法》，注册建造师在申请注销注册时，必须提供与原聘用企业解除劳动关系的有效证明材料。如果企业不配合提供相关证明，可以向劳动仲裁部门或法院申诉以维护自身权益。
企业不配合办理手续：
如果企业无故不配合办理建造师相关手续，可以提交申请报告和相关证明材料到省级注册中心进行申诉。
信息未及时更新：
有时由于系统或管理上的原因，即使注销申请已被批准，信息也可能未及时更新，导致在查询系统中仍显示有效的执业资格证书。这种情况下，需要联系相关部门更新信息。
综上所述，二级建造师注销不掉的原因可能有多种，需要针对具体情况进行分析和处理。建议及时与原聘用企业沟通，了解原因并寻求解决方案，同时也可以向相关部门咨询或申诉以加快注销进程。