监理工程师在以下情况下可以签发工程暂停令：
施工单位未经批准擅自施工：
当施工单位在没有得到批准的情况下开始施工时，总监理工程师应及时签发工程暂停令。
施工单位拒绝项目监理机构管理：
如果施工单位拒绝执行项目监理机构的要求和指令，总监理工程师应视情况签发工程暂停令。
施工单位未按审查通过的工程设计文件施工：
当施工单位未按照经过审查的工程设计文件进行施工时，总监理工程师应及时签发工程暂停令。
违反工程建设强制性标准：
施工单位如果违反了工程建设强制性标准，总监理工程师应及时签发工程暂停令。
存在安全事故隐患：
在监理过程中，如果发现工程存在安全事故隐患，总监理工程师应签发监理通知要求施工单位整改；情况严重的，应签发工程暂停令，并及时报告建设单位。
可能造成重大质量事故或安全事故隐患：
监理人员发现可能造成重大质量事故、重大安全事故隐患或已发生质量事故、安全事故的，总监理工程师应签发工程暂停令。
工程变更未会签前实施：
项目监理机构发现施工单位在工程变更单会签前实施工程变更的，总监应视情况签发工程暂停令。
重大节日或政府活动影响施工：
由于重大节日（如春节）或政府举办重大活动，施工对重大活动有影响，经施工单位暂停施工申请的，总监应视情况签发工程暂停令。
建设单位要求暂停施工：
建设单位要求暂停施工且工程需要暂停施工的，总监理工程师经过独立判断，认为有必要暂停施工的，可签发工程暂停令；认为没有必要暂停施工的，不应签发工程暂停令。
施工方案未经批准：
监理工程师在发现施工方案未经批准的情况下可以下达工程暂停令。
质量异常情况未采取有效措施：
施工中出现质量异常情况，经提出后，承包单位未采取有效措施，或措施不力未能扭转异常情况者。
隐蔽作业未经查验确认合格：
隐蔽作业未经依法查验确认合格而擅自封闭者。
质量问题未及时处理：
已发生质量问题迟迟未按监理工程师要求进行处理，或者是已发生质量缺陷或问题，如不停工则质量缺陷或问题将继续发展的情况下。
擅自变更设计或修改图纸：
未经监理工程师审查同意而擅自变更设计或修改图纸进行施工。
这些情形均来源于相关法规、规范及权威文献，确保监理工程师在签发工程暂停令时有明确的法律依据和操作指南。