如果二级建造师的证书或注册资格出现问题，可能会面临以下后果和处理方式：
撤销证书
如果证书是通过不正当手段获得，如伪造资料或考试作弊，相关部门会依法撤销该证书。持证人将失去作为二级建造师的资格，并且在未来一段时间内可能无法再次申请此类证书。
罚款或行政处罚
根据问题的严重性，持证人还可能面临罚款或其他行政处罚。这些处罚的具体金额和形式会根据当地的相关法规来确定。
法律诉讼
如果问题严重到构成犯罪，持证人可能会面临刑事诉讼。这包括但不限于伪造证件、欺诈等罪名。
重新考试或培训
对于某些问题，如考试成绩不实等，持证人可能需要重新参加考试或接受相关培训，以证明其具备相应的专业知识和技能。
记录在案
在一些情况下，持证人的不良记录可能会被记录在案，这将影响其在建筑行业内的职业发展。
注册资格撤销
如果二级建造师的注册资格存在问题，比如学历、工作经验等不符合要求，或者存在违规操作，如挂靠、转借证书等情况，那么该建造师的注册资格可能会被撤销。撤销注册资格意味着建造师将不能以注册建造师的身份从事相关工作，这将对个人的职业生涯产生严重影响，可能导致失业或需要转行。
行业禁入
在某些情况下，如果建造师的行为严重违反了建筑行业的规范和道德，他们可能会被行业组织列入黑名单，在一定时间内甚至永久禁止其再次进入建筑行业。
影响个人信用
随着社会信用体系的建设，个人的职业行为也会影响到个人的信用记录。一旦建造师的行为被记入不良信用记录，可能会影响到贷款、就业、出国等多个方面。
培训与教育
为了纠正违规行为并帮助建造师重新获得职业资格，相关机构可能会要求建造师参加特定的培训和教育项目。
维权途径
建造师可以通过与用人单位协商解决、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁、向法院提起诉讼、寻求法律援助等方式来维护自己的权益。
面对证书被查的情况，持证人应该主动配合调查，提供真实的信息，并承担相应的责任。同时，也应该积极寻求补救措施，如参加相关的培训和考试，以恢复自己的职业资格。