注册造价工程师的发证机构如下：
一级造价工程师：
由住房城乡建设部、交通运输部、水利部负责注册及相关工作，并由这三部委联合核发《中华人民共和国一级造价工程师注册证》（或电子证书）。
二级造价工程师：
由各省、自治区、直辖市的住房城乡建设、交通运输、水利行政主管部门按专业类别分别负责注册及相关工作，并由这些部门核发《中华人民共和国二级造价工程师注册证》（或电子证书）。
因此，注册造价工程师的发证机构涉及多个部委及地方行政主管部门，具体发证工作由相应级别的住房城乡建设、交通运输、水利行政主管部门负责。建议申请人在注册时，明确向所在地的相关行政主管部门提出申请，以确保注册流程的顺利进行。