考研报名扣费两次的情况下，可以进行退款。以下是具体的退款条件和流程：
重复支付情况
由于部分考生选错报考点或资格审查未通过等原因，可能会导致重复支付报考费。
如果同一报名号因网络问题重复缴费，报名系统会在报名结束后统一退还重复支付部分的费用。
退款条件
重复支付成功的款项，除生效一笔之外，其它重复支付的款项都会在报名结束后统一退款。
如果考生因个人选错报考点、学籍学历未能认证、不符合报考条件要求等自身问题导致考试费用将不会退回。
退款流程
考生需要保证原交费时使用的银行卡或支付宝账户的有效状态。
具体退款流程需参照各省的网报公告，例如内蒙古、安徽、江西、河南、湖南等省份的考生可以退费，且所退费用预计于12月底返还考生缴费时所用的支付账户。
注意事项
考生在报名过程中应仔细核对报考信息，避免因操作不当导致重复支付。
如果发现重复支付，应及时联系相关考研报名平台或招生单位，提供必要的信息以办理退款手续。
综上所述，考研报名扣费两次是可以进行退款的，但具体退款条件和流程需参照各省的网报公告和相关规定。建议考生在报名过程中仔细操作，确保一次成功缴费，避免不必要的麻烦。