中国药科大学：
国内最早设立制药工程专业的高校之一，教学和科研经验丰富，领军高校之一。
华东理工大学：
制药工程专业享有高声誉，拥有一流实验设备和教学资源。
北京化工大学：
在药物合成和工艺优化方面研究实力强。
南京工业大学：
在药物制剂和药物分析方面研究实力强。
西安交通大学：
在药物研发和生产技术方面研究实力强。
天津大学：
在制药工程作为工科方面突出。
清华大学：
综合性强，提供多元的学习和研究环境。
大连理工大学 、 南京理工大学、 江南大学、 江苏大学：
也是制药工程专业考研的不错选择。
青岛大学、 兰州交通大学、 西北农林科技大学、 四川轻化工大学：
这些学校也提供制药工程专业的研究生教育。
浙江大学、 四川大学、 山东大学：
综合类大学，在制药方面表现突出。
北京大学、 复旦大学、 沈阳药科大学：
老五所药学院，拥有强大的师资力量和科研实力。
选择考研院校时，要考虑自己的兴趣、能力以及院校的排名和研究方向，选择最适合自己的学校。希望这些建议对你有所帮助，