在职考研时，劳动合同的处理通常需要遵循以下步骤和原则：
合同条款
根据合同条款，如果合同中有关于在职考研的特别约定，比如乙方（职工）有权在职期间考研，并且甲方（用人单位）支持乙方完成考研事宜，那么双方应遵守这些条款。
如果合同中未明确约定，那么应参考《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定。
协商解决
与用人单位进行协商，说明考研的意愿和计划，看是否能够达成一致，允许乙方在职期间考研。
法律依据
根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十六条，用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。
如果乙方需要提前解除劳动合同，根据第三十七条，劳动者应提前三十日以书面形式通知用人单位。
违约责任
如果乙方单方面解除合同，可能需要承担违约责任，除非合同中有特别约定允许在职考研。
三方协议
如果报考的是定向就业或单位委培的在职研究生，通常需要与用人单位签订三方协议，约定毕业后回原单位工作一定年限。
其他考虑
如果单位不同意解除合同或签署三方协议，可以考虑其他支持途径，如高校招生办公室或就业指导中心咨询，或通过行业协会、人才交流中心等机构寻求帮助。
在做出决策时，需要考虑自己的职业发展规划和个人实际情况。
请根据具体情况，与用人单位沟通，并遵守相关法律法规，妥善处理劳动合同事宜。