中科院和北航都是国内顶尖的科研机构和高等教育机构，各自在考研方面都有自己的优势和特点。以下是一些关键点的比较：
考研难度
中科院：一般不太看重初试成绩，复试个人实际能力显得尤为重要。如果考生具有较强的实际操作能力，报考中科院可能更有优势。
北航：考研难度相对较高，尤其是对于考试能力较强的学生。北航越来越受到重视，竞争也较为激烈。
专业方向
中科院：自动化专业较为广泛，且补助较多。就业情况因专业方向而异，但总体较为认可。
北航：自动化专业偏向导航、计算机和电机相关领域。北航在工科领域较为出名，校友资源也较为丰富。
导师和科研
中科院：导师通常较为专注，研究型内容较多，待遇也较高。科研氛围浓厚，但地理位置相对较偏。
北航：导师官僚化现象较为严重，学术水平参差不齐，但承担的项目较多，应用中心项目较大，与航天五院合作紧密。
就业前景
中科院：就业情况因专业方向而异，但总体较为认可，属于“全国粮票型”。
北航：就业前景较好，尤其在工科领域，校友资源丰富，就业渠道较为广泛。
建议
如果你具有较强的实际操作能力和科研潜力，中科院可能更适合你。中科院的复试更注重个人实际能力，且待遇较高，科研氛围浓厚。
如果你更擅长考试，且希望在工科领域发展，北航可能更适合你。北航在自动化、计算机和电机等方向具有较强的学科优势，就业前景也较好。
最终选择哪个学校，建议结合自己的兴趣、能力以及职业规划进行综合考虑，同时可以提前与导师或在校学生进行沟通，了解实际情况。