复旦大学哲学系考研的参考书目包括：
马克思主义哲学
《马克思主义哲学的理论与历史》，余源培主编，复旦大学出版社，2000年
《马克思主义哲学经典文本导读》，余源培、吴晓明主编，高等教育出版社，2005年
《马克思主义哲学导论》，辛敬良主编，复旦大学出版社
中国哲学
《中国古代哲学史》，上海古籍出版社，2006年
《经学教科书》，刘师培，上海古籍出版社，2006年
《经学历史》，皮锡瑞，中华书局
《中国古代哲学史料学》，冯友兰，凤凰出版社集团江苏教育出版社
《中国现代思想研究》，张汝伦，上海人民用出版社，2001年
《西方哲学史》（上、下册），全增嘏主编，上海人民出版社
《西方哲学原著选读》（上、下册），北大哲学系外国哲学教研室编，商务印书馆，1982
外国哲学
《西方哲学史》（通史类），希尔贝克（适合没有基础的和跨考生），赵林（哲学入门），斯通普夫，张志伟，邓晓芒、赵林，全增嘏，张祥龙，张庆熊，夏基松，刘放桐，张汝伦，赵敦华，张志伟，彼得辛格，斯退士，霍尔盖特，庄振华
《西方哲学简史》，赵敦华
《逻辑学》，许史旺，介绍逻辑学的基本理论和方法
《现代哲学概论》，汪荫培，介绍现代哲学的不同研究领域和基本概念
请注意，以上信息以最新公布为准，建议查看复旦大学官方网站或相关学院发布的最新信息以获得最准确的参考书目。