郑州大学和南京工业大学都是不错的选择，具体哪个更好考研需要根据个人情况和目标进行权衡。以下是它们的一些比较：
学校层次和排名
郑州大学：郑州大学是211工程重点大学，也是河南省最好的学校之一，拥有较高的国内和国际排名。
南京工业大学：虽然南京工业大学不是211工程大学，但其在土木工程、化学工程与技术等学科方面表现突出，且拥有较高的教学质量和研究实力。
专业优势
郑州大学：在材料科学与工程、化学工程与技术、土木工程等专业方面具有较强的实力。
南京工业大学：在土木工程、化学工程与技术、环境科学与工程等专业方面具有明显优势，尤其是化学工程与技术为国家重点一级学科。
地理位置和就业
郑州大学：位于河南省郑州市，地理位置优越，有利于在河南省及周边地区发展。
南京工业大学：位于江苏省南京市，虽然地理位置偏南，但南京作为江苏省会城市，拥有较好的就业机会和城市发展前景。
个人兴趣和职业规划
郑州大学：适合希望在北方发展，特别是河南省内就业或继续深造的学生。
南京工业大学：适合希望在南方发展，特别是江苏省内就业或继续深造的学生，同时注重专业实力和实际应用。
建议
如果你更看重学校层次和排名，且希望在北方发展，郑州大学是更好的选择。
如果你更看重专业实力和实际应用，且希望在南方发展，南京工业大学是一个值得考虑的选择。
最终选择哪所大学，建议综合考虑自己的兴趣、职业规划以及未来的发展方向，同时可以咨询学长学姐或专业人士获取更多信息。