数学考研自命题院校包括但不限于以下几所：
1. 清华大学
2. 北京大学
3. 南京大学
4. 北京理工大学
5. 北京航空航天大学
6. 中国农业大学
7. 中国人民大学
8. 东南大学
9. 西北工业大学
10. 西安交通大学
11. 吉林大学
12. 哈尔滨工业大学
13. 东北大学
14. 大连理工大学
15. 山东大学
16. 中国科学技术大学
17. 湖南大学
18. 武汉大学
19. 华中科技大学
20. 中南大学
21. 重庆师范大学
22. 江西农业大学
23. 首都师范大学
24. 吉林农业大学
25. 延边大学
26. 湖北工业大学
27. 湖北师范学院
28. 西安理工大学
29. 延安大学
30. 中南民族大学
31. 三峡大学
32. 海军工程大学
33. 湖南师范大学
34. 华东理工大学
35. 福建师范大学
36. 福建农林大学
37. 陕西师范大学
38. 苏州大学
39. 北京师范大学（教育学基础综合）
这些院校在数学考研方面采用自主命题的方式，意味着它们不采用全国统一命题，而是自己单独组织招生考试试卷的编写和考试。建议考生在选择报考这些院校时，要详细查阅各个院校的招生简章和考试大纲，了解具体的考试要求和内容，以便更好地准备考试。