考研市政工程专业排名前三的学校分别是：
清华大学：
作为国内顶尖学府之一，清华大学在市政工程领域拥有雄厚的师资力量和科研实力，提供优质的教育资源和学术氛围。
同济大学：
同济大学在市政工程领域也具有较高的声誉，学校设立了专业的市政工程研究院，致力于培养高水平的市政工程人才。
华中科技大学：
华中科技大学的市政工程专业也备受认可，学校注重理论与实践相结合，培养学生的综合能力。
此外，以下学校也推荐考研市政工程专业：
重庆大学：
学科门类齐全，涵盖多个学科门类，市政工程专业备受认可。
西安建筑科技大学：
建筑学、土木工程、工程管理等多个专业通过国家专业评估认证，市政工程专业实力较强。
东南大学：
在市政工程领域有较高的声誉，连续的学科水平在国内排在第一名。
天津大学：
给排水科学与工程、环境科学与工程等专业实力较强，适合考研市政工程专业。
浙江大学：
在市政工程领域有较高的声誉，综合实力强大。
建议根据个人兴趣、学术目标和地理位置等因素，综合考虑以上学校的优势和特点，选择最适合自己的考研学校。