上海交大考研的各个系都有其优势专业，具体哪个系最好需要根据个人兴趣、职业规划以及学科发展前景等多个因素综合考虑。以下是一些推荐的专业和系：
电气工程与自动化专业
电气工程与自动化是上海交大的王牌专业，在各大高校中名列前茅。该专业就业机会多，专业课开设丰富，老师授课水平高，能够让学生储备大量的理论基础知识和动手实践能力，就业前景非常好。
经济管理专业
经济管理专业在出国深造和就业薪资待遇方面表现优异，是上海交大非常受欢迎的专业之一。
计算机专业
计算机专业就业前景广阔，上海交大的计算机专业实力强劲，是考研的热门选择之一。
机械制造专业
机械制造专业在就业方面表现优秀，上海交大的机械工程专业在第四轮学科评估中排名较高。
船舶与海洋工程专业
船舶与海洋工程专业在全国排名第一，拥有国家重点实验室和国家实验室，是考研的热门专业。
工商管理专业
工商管理学在全国学科排名中获得A+，上海交大的MBA项目非常热门，适合有工作经验的人报考。
生物学专业
生物学学科实力在全国排名第一，与国际地位相当，招生人数多，是考研的热门选择。
数学专业
数学专业在学科评估中表现优异，是考研的热门专业之一。
物理学专业
物理学专业在学科评估中表现优秀，是考研的热门专业之一。
材料科学与工程专业
材料科学与工程专业在学科评估中表现优异，是考研的热门专业之一。
建议根据个人兴趣和职业规划，综合考虑以上专业的优势和就业前景，选择最适合自己的专业进行报考。同时，可以咨询学长学姐或专业人士，获取更详细的建议和信息。