哈尔滨工程大学在多个专业领域都有较高的声誉和学术水平，以下是几个被广泛认为最好的专业：
船舶与海洋工程：
该专业是哈尔滨工程大学的传统优势专业，也是学校的王牌专业之一。在第四轮全国重点学科评估中排名全国第一，拥有强大的师资力量和科研平台。
水声工程：
水声工程是国家针对未来海洋开发及海军建设的迫切需求而批准的战略性新兴产业，学科在教育部历次学科评估中均排名第一。
计算机科学与技术：
该专业注重培养学生的创新能力和实践能力，课程设置涵盖了计算机理论、软件开发、网络安全等多个方面。
自动化：
自动化专业注重理论与实践相结合，培养既懂技术又懂管理的复合型人才，在自动化技术领域有着广阔的就业前景。
核工程与核技术：
该专业是全国高校特色专业、国防特色重点专业，在核工程类专业中第一个通过工程教育认证。
电子信息工程：
该专业以IC设计与制造为核心，学生将学习电路、模拟电子技术、数字电子技术等相关知识，就业前景广阔。
以上专业在学术水平、师资力量、就业前景等方面都具有较高的评价，是哈尔滨工程大学的优势专业。您可以根据自己的兴趣和职业规划，选择适合的专业进行报考。