应用化学考研可以选择报考以下军校：
国防科技大学
国防科技大学设有航天与材料工程学院，其中包含材料工程与应用化学系。该校的应用化学专业招收本科生，并在材料科学与工程、航空宇航科学与技术等一级学科招收博士研究生和博士后研究人员，同时在材料科学与工程一级学科、应用化学和军事化学与烟火技术三个二级学科招收硕士研究生。
第二炮兵工程学院
该学院有防化工程专业，虽然具体的应用化学方向可能有所不同，但作为军校，它可能提供相关的教育和培训。
指挥学院
解放军理工大学工程兵工程学院和防化指挥工程学院可能提供应用化学相关的课程或专业。
海军工军械工程学院
该学院可能涉及应用化学的专业领域，但具体信息不详。
第三军医大学和第二军医大学
虽然军医学校主要招生方向不在应用化学，但可能有一些相关的专业或研究方向。
南京理工大学
该校有军事化学与烟火技术专业的研究生招生，可能涉及应用化学的某些方面。
中国人民武装警察部队学院
该学院可能有防化专业，但具体是否招收应用化学方向的研究生需要进一步确认。
建议
国防科技大学和 南京理工大学是较为明确的选择，具有明确的化学相关专业和招生信息。
第二炮兵工程学院和 指挥学院等军校可能提供相关应用化学的专业或课程，建议进一步了解具体招生方向和条件。
第三军医大学和第二军医大学虽然主要方向不在应用化学，但可以考虑其相关专业的研究机会。
请根据个人兴趣、职业规划及具体学校的招生信息，选择最适合自己的报考院校。