南理工自动化学院的考研方向主要包括以下几个专业：
1. 控制理论与控制工程
2. 检测技术与自动化装置
3. 系统工程及导航制导与控制
4. 电气工程
5. 轨道交通运输
6. 道路交通运输
7. 电机与电器
8. 电力系统及其自动化
9. 测绘工程
10. 软件工程
11. 电子与通信工程
考研的专业课通常包括《政治思想理论》、《英语》、《数学》以及根据所选方向确定的专业课，例如电路、自控、微机、高等代数、信号系统、数字电路、模拟电路和自动控制原理等。具体的课程设置以每年九月份左右公布的招生简章为准，可查询南京理工大学研究生院的官网获取最新信息。
希望这些信息对你考研准备有所帮助，