南京大学本科生在考研时，通常会选择一些国内顶尖的大学继续深造。以下是一些南京大学本科生可能会考虑的考研目标学校：
1. 清华大学
2. 北京大学
3. 复旦大学
4. 上海交通大学
5. 浙江大学
6. 中国科学技术大学
7. 上海交通大学
8. 中国人民大学
9. 东南大学
10. 北京航空航天大学
11. 同济大学
12. 北京理工大学
13. 华中科技大学
14. 西安交通大学
15. 哈尔滨工业大学
这些建议基于南京大学作为国内顶尖综合性大学，以及其本科毕业生的质量通常属于国内顶尖层次。选择考研目标学校时，学生通常会考虑学校的学术声誉、专业排名、研究方向等因素。