呼吸发酵工程专业考研需要掌握的专业课程和理论实践知识包括：
生物化学：
这是生物工程领域的基础学科，涉及生物体内化学过程的研究，是发酵工程的重要理论基础。
生物物理化学：
研究生物体内的物理化学过程，对于理解发酵过程中的分子机制具有重要意义。
生物化学工程：
研究生物化学反应及生物系统的工程应用，包括发酵过程的设计和优化。
发酵工艺学：
研究发酵产品的生产工艺，包括菌种培养、发酵条件控制、产品分离和纯化等。
微生物学：
研究微生物的生物学特性及其在工业中的应用，是发酵工程中的关键学科。
生物反应器工程：
研究生物反应器的原理、设计及应用，是发酵工程中的核心内容。
生化工艺实验：
通过实验手段验证和优化发酵工艺，提升实际操作能力。
统计学：
在数据分析和实验设计中应用统计学方法，提高研究结果的准确性和可靠性。
食品工程：
涉及食品加工和保藏的原理和技术，与发酵工程有密切联系。
制药工程：
研究药物的生产工艺和质量控制，与发酵工程有交叉内容。
化学工程基础：
研究化学工程的基本原理和方法，对发酵工程中的设备设计和操作具有指导意义。
数学方法：
在数据处理、模型建立和实验设计中应用数学方法，是发酵工程研究的必要工具。
此外，考研还需要具备较高的理论基础和实践能力，因此建议同学们在备考过程中注重理论知识的积累和动手实践能力的提升。同时，了解目标院校的招生专业目录和复试要求，制定合理的复习计划，以增强自己的综合素养和竞争力。