南京理工大学的冷门考研专业包括：
马克思主义学院：
思想政治教育专业。
物理学院：
声学和生物物理学专业。
商学院：
会计学专业。
哲学系：
科学技术哲学专业。
医学院：
外科学、影像医学与核医学专业。
电子科学与工程学院：
无线电物理专业。
企业管理：
虽然经管类分数相对较低，但企业管理专业在南理工仍属于考研的冷门专业。
哲学：
哲学专业虽然在国内很多人眼中是高深难懂的专业，但在宏观层面却非常重要，且就业前景较好。
公共事业管理：
该专业就业不太好，工资也低，因此算冷门专业。
汉语国际教育：
同样因就业不太好而被视为冷门专业。
生物技术：
该专业就业前景一般，也属于冷门专业。
建议：
如果对理工科专业有浓厚兴趣，可以考虑报考上述理工科类冷门专业，如仪器科学与技术、动力工程及工程热物理、安全科学与工程等。
对于希望从事哲学、公共事业管理、汉语国际教育等文科类工作的学生，尽管这些专业相对冷门，但就业前景还是比较乐观的。
选择专业时，建议综合考虑自己的兴趣、职业规划以及未来的就业方向，选择最适合自己的专业。