南京农业大学的毕业生可以选择以下学校攻读研究生：
国内一流大学
清华大学
北京大学
复旦大学
国外知名大学
斯坦福大学
哈佛大学
牛津大学
国内其他知名高校
中国人民大学
中央财经大学
上海财经大学
西南财经大学
中南财经政法大学
厦门大学
北京交通大学
东北财经大学
西安交通大学
专业特色学校
南京工业大学（化工或材料专业）
浙江大学（植物保护专业）
建议根据个人兴趣、专业排名以及未来的职业规划，选择合适的学校进行申请。南农本身也是一个不错的选择，尤其是对于植物保护、农业资源与环境、生态学等优势专业。