关于如何处理考研基地被占领的问题，可以采取以下步骤：
与直接侵权人协商处理
要求停止侵权行为。
寻求第三方调解
可以找当地村委会或派出所进行调解处理。
收集证据并起诉
收集侵权的证据，然后去法院起诉，要求停止侵权，排除妨碍。
法律依据
《中华人民共和国土地管理法》第十四条和第十六条规定，土地所有权和使用权争议应首先由当事人协商解决，协商不成时由人民政府处理。个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对人民政府的处理决定不服的，可以向人民法院起诉。
这些步骤提供了一个基本的处理框架，从协商到调解，再到法律诉讼，以确保合法权益得到保护。建议优先考虑通过调解解决，因为这种方式更加非暴力，有助于维护社会和谐。如果调解无效，再通过法律途径解决也不迟。