全国考研最难的学校主要包括以下几所：
清华大学：
清华大学在全国考研难度中排名第一，录取难度高达99.68%。
北京大学：
北京大学紧随清华大学之后，录取难度为98.85%。
复旦大学：
复旦大学考研难度排前五，录取难度为97.35%。
浙江大学：
浙江大学考研难度同样排前五，录取难度为96.23%。
上海交通大学：
上海交通大学考研难度排第三，录取难度为97.73%。
中国科学院大学：
中国科学院大学录取难度为96.08%。
中国人民大学：
中国人民大学录取难度为95.7%。
中国科学技术大学：
中国科学技术大学录取难度为95.63%。
北京大学医学部：
北京大学医学部录取难度为95.63%。
南京大学：
南京大学考研难度排前十，录取难度为95.6%。
此外，其他一些高校如南开大学、同济大学、上海财经大学、中央财经大学、北京外国语大学、中国政法大学、北京邮电大学、西南财经大学、上海外国语大学、西南财经政法大学等也在考研难度榜单上排名较高。
这些学校的考研难度主要受到其学术实力、地理位置、招生名额和推免生比例等多种因素的影响。建议考生在选择报考这些学校时，要充分了解其招生政策和录取情况，做好充分的准备和规划。