南京的本科考研学校包括以下几所：
南京大学：
南京大学是国家“211工程”重点支持的综合性大学，也是“985工程”和世界一流学科建设高校。南京大学在各个学科领域都有较高的声誉和影响力，特别是在理工科、文史科和医科方面。
东南大学：
东南大学是中央重点建设的综合性大学之一，其管理学、交通运输工程、土木工程和自动化四个学科领域均为国家特色学科。东南大学在理工科、管理学以及建筑学等学科领域都有一定的优势。
南京理工大学：
南京理工大学是江苏省重点建设的本科高校，由江苏省人民政府、工业和信息化部、国家知识产权局共建。它是国家首批“211工程”重点建设高校，拥有强大的工科实力，特别是在工程技术、材料科学、信息科学等方面。
南京航空航天大学：
南京航空航天大学是一所以航空航天为特色的研究生院校，是江苏省重点支持的国家重点大学，也是国防科工局直属高校。学校在航空航天、机械工程等领域有较为优秀的研究基础和师资力量。
南京师范大学：
南京师范大学在教育领域具有较高的声誉和影响力，尽管近年来报考热度有所下降，但仍然是考研热度较高的学校之一。学校在文科类学科方面表现突出。
南京农业大学：
南京农业大学是以农业和生命科学为特色的综合性大学，拥有良好的教学设施和师资力量。
南京医科大学：
南京医科大学在医学领域具有很高的声誉，是江苏省重点建设的高校之一。
南京林业大学：
南京林业大学以林业、资源、生态、环境为特色，是江苏省十五所重点建设大学的成员。
中国药科大学：
中国药科大学在药学领域具有很高的声誉，是教育部直属高校。
南京信息工程大学：
南京信息工程大学在大气科学、信息科学等领域有较为优秀的研究条件和师资力量。
这些学校在学术实力、师资力量、研究设施等方面都有较高的水平，是考研学子的热门选择。建议根据个人兴趣和职业规划，选择合适的学校进行报考。