考研制度之所以难以改革，主要原因包括：
实施难度极大：
相比于博士生的20年时间改革，硕士生的改革难度至少要高出10倍。这涉及到国家科研与国际接轨、高端专业人才的培养需求等多个方面。
教育体系问题：
现行的研究生入学考试制度并不能真正选拔出“优秀的人才”。厉以贤教授指出，问题不仅仅在于考研制度本身，更在于整个教育体系，包括本科教育阶段对学生能力培养的缺失，以及优秀本科生流失严重等现象。
社会现实因素：
目前一些院校研究生后劲不足，很大程度上是由于本科教育阶段对学生能力培养的缺失。此外，现有的考试制度将很大一部分具有社会工作经验、有学术兴趣但没有时间复习的在职人员排除在外。
资源浪费：
现行的考研制度造成学生东奔西跑，精力疲惫，无心做好最后的毕业准备，同时也造成家庭和国家的资源浪费。
尽管有专家建议将考研制度改为申请制，但这一提议面临着巨大的实施难度和反对意见，因此改革进展缓慢。