微生物学考研的院校排名如下：
1. 北京大学
2. 清华大学
3. 上海交通大学
4. 中国农业大学
5. 南京大学
6. 中国科学技术大学
7. 武汉大学
8. 华中农业大学
9. 南开大学
10. 东北师范大学
11. 复旦大学
12. 浙江大学
13. 厦门大学
14. 华中科技大学
15. 中山大学
16. 四川大学
17. 首都医科大学
18. 北京师范大学
19. 首都师范大学
20. 江南大学
21. 云南大学
22. 华南理工大学
23. 温州大学
以上排名根据不同的评价体系和时间点可能会有所变化，请以最新的官方信息或教育评估机构的排名为准。