发酵工程考研的书籍推荐如下：
生物化学
《生物化学》（第三版，上下册），王镜岩、朱圣庚、徐长法主编，高等教育出版社，2005年4月第5次印刷。
微生物学
《微生物学》（第二版），诸葛健、李华钟主编，科学出版社，2018年。
《微生物遗传育种学》，诸葛健、李华钟、王正祥主编，化学工业出版社，2018年。
化工原理
《化工原理》（上、下册），夏清、陈常贵等主编，天津大学出版社。
微生物学教程
《微生物学教程》（第二版），周德庆主编，高等教育出版社，2002年。
数学
《高等数学》（第五版、第六版），同济大学数学系编著。
《线性代数》，同济大学数学系编著。
《概率论》，浙江大学编著。
英语
历年英语考研真题（必备）。
政治
政治考研相关教材及辅导资料。
建议您根据报考的学校和专业要求，选择相应的参考书籍进行复习。同时，可以查阅相关学校的研究生招生目录和官方网站，获取更详细的参考书目信息。