物流工程考研院校排名前三甲分别是：
北京交通大学：
物流工程专业是该校新兴的学科方向，经过教育部门大力投入，已经初具规模，并且拥有一批高水平的教学科研力量。毕业生就业率高达98%以上，获得用人单位的好评，被誉为物流行业的“摇篮”。
上海海事大学：
物流工程专业是一所老牌专业，拥有雄厚的师资力量和强大的实验室资源。教学体系完备，课程设置齐全，注重学生综合素养的培养，在考研界中以其卓越的教学质量和出色的就业支持，吸引了众多准备攻读物流工程专业的学子。
西南交通大学：
这是一所历史悠久、学科领域广泛的大学，其物流工程专业注重理论与实践并重的教学理念，有一支经验丰富的教师团队，为学生成功进入社会打下坚实的基础。此外，学校还有与物流领域密切相关的多个研究中心，提供了更多的学术研究和资源。
此外，以下是一些推荐的物流工程考研院校：
北京物资学院：
国内最早从事物流教学和研究的高校之一，专业的前身是物资储运管理专业，为国家培养了急需的首批储运物资人才。
大连海事大学：
国内唯一一所由交通运输部直属的本科高校，其物流专业主要研究物流管理与工程，拥有工学学位。该专业在考研中具有一定的特殊性，考数一。
中国人民大学：
在物流管理专业上表现不俗，学校拥有强大的师资力量和丰富的学术资源，致力于培养具有国际视野和创新能力的高端物流管理人才。
清华大学：
物流管理专业凭借其深厚的学术底蕴和卓越的科研实力，在国内外享有盛誉。该校物流管理专业不仅涵盖了物流系统规划与设计、物流信息管理、物流工程等多个方向，还开设了多门与国际接轨的精品课程。
上海交通大学：
物流管理专业以其鲜明的特色和突出的教学质量，吸引了众多优秀学子。该校物流管理专业注重培养学生的创新能力和实践能力，通过校企合作、案例教学等多种方式，让学生在学习过程中不断接触和解决实际问题。
东南大学：
在物流管理专业上表现不俗，学校拥有强大的师资力量和丰富的学术资源，致力于培养具有国际视野和创新能力的高端物流管理人才。
华中科技大学：
推荐院校之一，物流管理专业在学术和科研方面都有显著成就。
这些院校在物流工程专业方面都有各自的优势和特色，建议根据个人兴趣、学术目标和地理位置等因素，选择最适合自己的院校进行报考。