哈尔滨工程大学的学生在考研时，可以选择报考以下学校：
哈尔滨工程大学研究生院：
作为本校学生，自然可以选择报考本校的研究生院，享受本校的教育资源和科研环境。
哈尔滨工业大学：
哈尔滨工业大学是另一所国内顶尖的工科大学，考研学生可以选择该校的相关专业进行深造。
北京航空航天大学：
北航在航空航天领域具有很高的声誉，考研学生可以选择该校的相关专业。
天津大学：
天津大学是知名的工科院校，拥有多个优势学科，适合考研学生报考。
吉林大学：
吉林大学是国内一流的综合性大学，考研学生可以选择该校的相关专业。
复旦大学：
复旦大学在多个学科领域都有很高的学术水平，考研学生可以选择该校的相关专业。
华中科技大学：
华中科技大学在工科领域实力强劲，考研学生可以选择该校的相关专业。
上海交通大学：
上交大有很强的工科和科研实力，考研学生可以选择该校的相关专业。
西安交通大学：
西安交通大学的工科实力非常强，考研学生可以选择该校的相关专业。
浙江大学：
浙江大学是国内顶尖的综合性大学，考研学生可以选择该校的相关专业。
此外，对于水声专业的学生，还可以选择以下学校：
同济大学：
同济大学在水声学科方面较为全面和系统，科研能力较高。
中国海洋大学：
中国海洋大学是海洋科学和技术的重要研究基地，水声科学与技术研究团队国内领先。
中国科学院声学研究所：
声学所在水声领域的研究和补助较多，适合想读博的学生。
西北工业大学：
西工大在水声领域偏向于理论研究，信号处理，项目较少。
这些学校都是在各自领域具有较高学术水平和研究实力的院校，考研学生可以根据自己的兴趣和职业规划选择合适的学校进行报考。建议学生在选择学校时，综合考虑学校的学科优势、研究方向、导师实力和科研环境等因素。