部队基层不让考研的原因主要有以下几点：
动力不足：
基层现在干部考研没有动力，各级考研条件控制得很紧，比例低，毕业至少三年以上。一方面单位不让考，另一方面，改革后基层干部少，新干部来了就是干活的，干的还可以，一般三年后上基层主官了，基层事多又杂，主官期间基本不可能考研。行政的路子走下去，基层干部没有时间，没有精力考研；技术干部又被大大压减，工作量倍增，基层干部考研要付出更多更多的努力。
政策限制：
军校研究生招生政策由“鼓励”转为“限制”，包括：
军校应届毕业生考研比例有了指标限制，且“指挥类”应届生不能考研，需要基层工作2年才允许报考；
地方高校应届生报考军校研究生不再取得军籍；
在职军官考研的审批变得更加严格，脱产学习一般不能解决军衔、职务的晋升，且毕业后必然回原单位工作。
实践经验：
指挥类基本上都是到基层部队任职，避免在部队不停读书，没有实践经验。指挥类必须分配到部队之后工作满2年才可以考研。
单位考虑：
个别单位出于对眼前工作的考虑，对一些发展潜力不大、表现不够优秀，甚至并不打算在部队长干的考研干部迁就照顾，对用着顺手的优秀干部反倒不愿放手。这种做法虽然本意是想留住人才，但实际上却为人才套上了“紧箍咒”，使“爱才”变成了“囿才”。
综上所述，部队基层不让考研主要是由于政策限制、动力不足、实践经验需求以及单位考虑等多方面原因。这些因素共同作用，使得基层部队的考研之路变得困难重重。