军事指挥学院考研的难度相对较大，主要基于以下几点原因：
竞争激烈
空军指挥学院作为空军最高学府，吸引了大量有志于空军指挥和军事学研究的考生报考，因此竞争非常激烈。
陆军特种作战学院作为全军唯一一所特种作战、情报侦察领域的高等教育院校，其硕士专业也具有较高的知名度和吸引力，竞争同样激烈。
综合素质要求高
录取时不仅看重考生的初试成绩，还会综合考虑考生的综合素质、军事素养和专业技能等方面。
考生需要通过政治审查、体能测试等多方面的考核，才能最终被录取。
专业知识和技能要求扎实
空军指挥学院的硕士专业涉及多个军事学领域，要求考生具备广泛的专业知识和扎实的基础。
陆军特种作战学院的军事指挥专业要求考生掌握特种作战指挥的特点规律、指挥原则和艺术等。
跨专业报考和本科院校背景的影响
如果考生跨专业报考或者本科院校背景较弱，那么考研的难度可能会相对较高。
体检和面试的严格性
军校考研的体检和各种检查非常严格，面试难度也较大，除非有特殊的关系，否则考军校指挥研究生几无可能。
建议
提前准备：考生需要提前准备，注重基础知识的巩固和拓展，多做模拟试题和历年真题进行有针对性的练习。
提升综合素质：考生应注重提升自己的军事素养和专业技能，通过参加相关活动和培训来增强自己的竞争力。
选择合适的院校和专业：考生应根据自己的兴趣和职业规划，选择合适的院校和专业进行报考。
了解政策：考生应详细了解军校考研的相关政策，包括报考条件、录取标准等，以便有针对性地备考。
综上所述，军事指挥学院考研难度较大，但通过充分准备和提升自身素质，仍有较大的录取机会。建议考生尽早准备，全面提升自己的综合素质和专业技能。