制药工程跨专业考研的方向有以下几种选择：
药物化学
药物化学是研究药物合成、药物设计等方面的理论知识与专业技能的学科。毕业生可以在医药生产企业、药政机构以及高校从事相关工作。
化学工程与技术
化学工程与技术，简称化工，研究化学工业及其他工业生产过程中的一般原理和规律。毕业生主要从事冶金、能源等方面的科研工作。
药学
药学是研究药品研发、生产和应用的科学。毕业生可以从事药物制备、质量控制及合理用药指导等工作，就业前景光明。
中药学
中药学是研究中药材的采集、加工、炮制和药理的科学。毕业生可以在中药生产、检验、流通等方面工作，成为高级科学技术人才。
生物技术
生物技术是研究生物体及其生命过程的应用科学。制药工程专业的学生可以继续攻读生物化工、发酵工程、生物化学与分子生物学、微生物与生化药学等专业方向的研究生。
药剂学
药剂学是研究药物制剂和药物释放系统的科学。毕业生可以从事药物剂型设计、药物稳定性、药物生物利用度、药物释放系统等方面的研究工作。
生物制药
生物制药是利用生物技术生产药物的科学。毕业生可以从事生物药物的合成、生物药物的稳定性、生物药物的释放等研究工作。
药理学
药理学是研究药物与机体之间相互作用及作用机制的科学。毕业生可以从事药物的作用机制、药物的副作用、药物的治疗窗等研究工作。
临床药学
临床药学是研究药物在临床应用中的合理性和安全性的科学。毕业生可以从事药物的临床评价、合理用药等方面的工作。
药事管理
药事管理是研究药品的生产、流通、使用和监管等环节的科学。毕业生可以从事药品安全、提高用药水平等方面的工作。
建议根据个人兴趣和职业规划选择合适的跨专业考研方向。例如，如果对药物合成和设计感兴趣，可以选择药物化学；如果希望从事医药生产和管理，可以选择药学或中药学；如果对生物技术和生物制药感兴趣，可以选择生物技术相关方向。