考研少数计划的缺点主要包括以下几点：
就业限制
毕业生必须履行协议回定向地区和单位就业，可能会限制个人的就业选择和职业发展。
毕业后需回原籍地工作5年，不得违约，否则会有违约金并可能影响个人征信。
服务期限
硕士服务期限为5年，博士8年，这可能会影响个人的长期职业规划。
地域限制
主要针对特定地区的少数民族考生，可能会限制其他地区或民族的考生参与。
竞争激烈
尽管有优惠政策，但竞争依然激烈，需要考生具备较强的竞争力。
调剂难度较大，成功调剂的机会很小。
学历与毕业证问题
通过该计划读研毕业后必须回原籍地工作5年，有些省份不允许违约，违约会有严重后果。
毕业证和学位证在服务期满后才能拿到，期间会被扣在教育厅。
社会歧视
在就学过程中可能会受到一定程度的歧视，同学和老师可能会认为定向生比统招生能力差。
考博限制
少干硕士大部分学校不可以直接硕转博，且只能走少数民族骨干计划，不可以报普博。
政策变动风险
政策可能会变动，例如2019年之后，教育部门有权将违约记录纳入征信记录。
综上所述，考研少数计划虽然为少数民族考生提供了优惠，但同时也存在诸多限制和不利因素，考生在选择时应慎重考虑。