微生物考研的方向主要包括：
资源与应用微生物学：
研究微生物在资源利用方面的应用。
病源微生物学：
研究病原微生物及其相关疾病。
微生物发酵与代谢工程：
利用微生物进行发酵生产，研究代谢过程。
生物防治微生物学：
利用微生物进行生物防治。
环境微生物学：
研究微生物与环境的关系。
真菌学：
专注于真菌的研究。
微生物学：
研究微生物的生理学、生态学、分类学和应用。
生物能源和微生物制药：
利用微生物生产能源或药物。
细胞生物学：
研究细胞的功能结构和代谢产物。
植物学：
研究植物的形态、分类、生理、生态等。
学科教学（生物）：
培养中学生物教学和研究能力的人才。
生物信息学：
研究基因信息、蛋白质结构、药物信息等。
海洋生物学：
研究海洋生物的分类、分布、遗传和演化。
生物医学工程：
将工程原理应用于生物医学研究和临床应用。
考研时，学生可以根据自己的兴趣和职业规划选择合适的研究方向。知名的院校包括山东大学、复旦大学、北京大学、中国农业大学、华中农业大学、中山大学、南开大学、清华大学、浙江大学、南京农业大学、西南大学等。