制药工程考研可以选择的专业主要包括：
药学专业：
学习药学学科的基本理论和基本知识，从事药品生产、检验等领域的鉴定和设计工作。
化学工程与技术专业：
旨在培养化学工业领域装置设计和企业经营管理方面的高素质人才。
中药学专业：
学习中药学的基本理论和知识，具备中药鉴定、制备、炮制的基本能力。
药物化学专业：
研究药物的合成、设计，以及功能基因药物的研究。
药剂学：
研究药物制剂的基本理论、处方设计、生产工艺等。
药理学：
研究药物与机体间的相互作用规律及其作用机制。
药事管理：
涉及药品的注册、生产、流通、使用等环节的管理。
微生物与生化药学专业：
研究微生物和生化药物的相关知识。
发酵工程专业：
涉及生物发酵技术在制药中的应用。
临床药学：
关注药物在临床上的合理使用。
生物专业、 社会医学与卫生事业管理、 制药工程专业、 教育学、 中药药剂学、 微生物学、 马克思、 生物化学与分子生物学、 会计、 医药卫生等相关专业也是可选的考研方向。
选择考研方向时，建议根据个人兴趣和职业规划进行综合考虑。