石河子大学研究生专业涵盖多个领域，包括理学、工学、农学、医学、管理学、法学、教育学等。具体专业如下：
理学
数学与应用数学
计算数学
物理学
化学
生物学
地理学
环境科学与工程
工学
机械工程
农业工程
土木工程
水利工程
农业水利工程
农业机械化及其自动化
农业电气化及其自动化
计算机科学与技术
农学
作物学
园艺学
农业资源与环境
植物保护
畜牧学
兽医学
水产养殖学
商品学
农产品加工与贮藏工程
农业经济管理
医学
基础医学
临床医学
公共卫生与预防医学
护理学
药学
管理学
企业管理
公共管理
教育管理
法学
法律
教育学
教育学原理
课程与教学论
高等教育学
教育经济与学校管理
教育硕士（教育管理、学科教学（思政）、学科教学（语文）、学科教学（数学）、学科教学（物理）、学科教学（化学）、学科教学（生物）、学科教学（英语）、学科教学（历史）、学科教学（地理）、学科教学（体育）、小学教育、学前教育、现代教育技术）。
建议：
石河子大学是一所偏向农学的“211”院校，农学、农林经济管理、农业机械化及其自动化、临床医学、动物医学几个专业为国家级特色专业，建议报考这些专业以获得更好的发展机会。
教育学专业在最新的学科教学水平评估中得分为C-，属于最低一档，基本每年都需要调剂才能满足招生计划，非目标在新疆地区工作的考生，不建议报考。