南京的二本院校中，考研难度相对较大的有：
南京大学：
作为南京乃至江苏地区的顶尖高校，南京大学在全国的考研难度排行榜中位居前列，考研难度相当大。
东南大学：
东南大学同样是南京乃至江苏地区的重点大学，考研难度也较大。
南京理工大学：
南京理工大学作为兵工七子之一，考研难度也相对较高。
南京航空航天大学：
南京航空航天大学在航空航天领域具有较高声誉，考研难度也较大。
河海大学：
河海大学在水利工程、环境科学等领域有较强实力，考研难度也较高。
南京师范大学：
南京师范大学在师范类专业方面较为突出，考研难度也较大。
南京医科大学：
南京医科大学在医学领域有较高声誉，考研难度也较大。
中国药科大学：
中国药科大学在药学领域具有较高声誉，考研难度也较大。
南京农业大学：
南京农业大学在农业科学等领域有较强实力，考研难度也较高。
南京信息工程大学：
南京信息工程大学在气象学等领域有较高声誉，王牌专业考研难度较大。
南京财经大学：
南京财经大学在经济学、管理学等领域有较强实力，考研难度适中。
南京工业大学：
南京工业大学在工程类学科方面有一定实力，考研难度适中。
建议：
如果追求顶尖高校和王牌专业，南京大学、东南大学、南京理工大学、南京航空航天大学、河海大学、南京师范大学、南京医科大学和中国药科大学等学校的考研难度都较大，需要充分准备。
如果追求专业特色或相对容易的考研，可以考虑南京农业大学、南京信息工程大学、南京财经大学和南京工业大学等学校，这些学校在某些专业上可能相对容易一些。
另外，具体考研难度还需结合个人兴趣、专业背景和实力等因素进行综合评估。